水は含まれるカルシウムとマグネシウムの量で軟水と硬水に分けられます。世界的に見て、日本の水は軟水が圧倒的に多いことが知られていますが、醸造用水の分類は一般的な飲料水の基準とはやや異なります。仕込み水に含まれるミネラル類は酵母の活性や、酵素の溶出、酸味の生成などに関わるからです。

日本の醸造用水は、カルシウムとマグネシウムが少ない順に、軟水＜中軟水＜軽軟水＜中硬水＜硬水に分類されています。軟水になるほど発酵は緩やかに進むため淡麗な甘口タイプになり、硬水になるほど発酵が旺盛で濃醇な辛口になると言われています。

生酛や山廃酛は乳酸菌がつくる乳酸を利用して雑菌の繁殖を防ぎながら酵母を育てます。一方、普通速醸モトや中温速醸酛は仕込みのときに市販の乳酸を加えます。そのため、生酛や山廃酛は出来上がるまで約1ヵ月を要するのに対して、速醸酛はその半分で出来上がります。ただし、酒母の期間が長い生酛や山廃酛は、その分、雑菌汚染のリスクも高くなりますが、強い酵母を育成することができるといいます。

速醸酛は雑菌汚染を防ぎやすく、安全な醸造に有利です。また、普通速醸酛は一般的に14日前後で出来上がりますが、長い場合には17日〜20日に及ぶものもあります。中温速醸酛は、1週間ほどで完成するため、酵母の純粋培養に有利なだけでなく、温暖な地方での酒造りに適しています。

米粒の表層には灰分やタンパク質、脂肪質が多く含まれます。灰分は麹菌や酵母など微生物の栄養源になりますが、多すぎると発酵のバランスが崩れてしまいます。タンパク質はアミノ酸の原因になり、多すぎるとくどい、品のない味になります。さらに脂肪質は香りを悪くします。

そのため、日本酒づくりに先立って、原料米を精米して不要な部分を削り取りますが、一般的な普通精米では、精米歩合が低くなるほど白米の形が丸くなるため、残したい部分は削られ、削りたい部分が若干残ってしまいます。これを効率よく削る精米法が扁平精米です。ただし、扁平精米は精米時間が長く、光熱費がかさむことや、心白の大きな酒造好適米には適さないことがあります。従って、蔵元は使用する原料米や精米機の性能などを考慮して、精米方法を選んでいます。

日本酒造りに用いられる白米のうち、約2割は蒸した後、米麹にして仕込みに用います。この米を「麹米」といいます。残りの8割は蒸した後、適温に冷ましてそのまま仕込みに用います。これを「掛米」といいます。

米麹は麹菌がつくる酵素で掛米のデンプン質を糖分に分解します。その糖分を酵母がアルコールなどに変えるわけです。麹菌はデンプン質を分解する酵素のほかにも、タンパク質をアミノ酸に分解する酵素などもつくります。

一般的な日本酒に含まれるアミノ酸の多くが苦味などの雑味を感じさせます。米粒の外側に多く含まれるタンパク質を取り除くためには、掛米の精米歩合をより低くすればいいのですが、それでは原料のコストが高くなってしまいます。 それなら、米麹のタンパク質分解酵素を弱くすればいい、という考え方になるわけです。

一般的に麹米の精米歩合を低くすれば、デンプン質を分解してブドウ糖をつくる酵素の活性が高くなり、タンパク質分解酵素は弱くなると言われます。それを利用して、麹米をより低く精米する代わりに、掛米をほどほどの精米歩合に止めることで、原料米全体の精米歩合（平均精米歩合）はそれほど低くなくても、コストパフォーマンスに優れた日本酒ができるというわけです。

近年の日本酒は醪のアルコール分（原酒のアルコール分）を低くする傾向があります。その理由は、アルコール発酵を担う酵母菌を傷つけないことにあります。酒類の製造に用いられる酵母の多くは、一般的に醪のアルコール分が高くなると、発酵をやめてしまう性質があります。しかし、清酒酵母は自分がつくったアルコールで自分自身が傷ついても発酵をやめない性質があります。ワインやビールのアルコール分が日本酒よりも低いのはそれが理由の一つです。

醪のアルコール分が高くなると酵母が傷ついて死滅し、その体内からは雑味成分や老香成分などが溶け出してしまうため、これを防ぐために、醪のアルコール分を15度程度に抑える製法が増えているわけです。醪を搾った後、水を加えないお酒を原酒といいます。